Третий сезон в профессиональном футболе для ФК «Зеленоград» по многим показателям оказался лучше, чем предыдущие. По итогам Росгосстрах Первенства России по футболу 2009 года во втором дивизионе, зона «Запад», ФК «Зеленоград» занял 11-е место, набрав 48 очков.
    Сыграно 36 игр, одержано 13 побед, 9 раз команды расходились миром, 14 поражений, разница мячей 44-43. В первом круге была зафиксирована беспроигрышная серия из 5 матчей, а также серия без побед – тоже из 5 матчей. Во втором круге – снова серия из 5 матчей без поражений, в числе которых 3 победы подряд - максимальное в этом сезоне. А в финальном отрезке Первенства ФК «Зеленоград» провел четыре самых ярких матча сезона подряд. В их числе – домашняя нулевая ничья с лидерами Первенства санкт-петербургским «Динамо», выездная ничья с «Нарой-ШБФР» 4:4 – матч, в котором зеленоградцы вели сначала со счетом 3:0, а затем 4:1, и две домашние победы – над «Истрой» 3:2 и «Локомотивом-2» 3:1, командами, которые заняли 4-е и 5-е места в турнирной таблице соответственно.
    По набранным очкам в первом круге зеленоградцы занимали 16-е место, а во втором круге – уже 8-е.
ФК «Зеленоград» успешнее выступал дома, набрав в 18 матчах 31 очко (9 побед, 4 ничьих, 5 поражений, разница мячей 21-14). На выезде же зеленоградцы набрали 17 очков (4 победы, 5 ничьих, 9 поражений, разница мячей 23-29).
   Зеленоградцы одержали 11 побед, в которых вели по ходу матча. Дважды, проигрывая, сводили результат матча к ничейному. Один раз, ведя по ходу матча 3:0, сыграли вничью 4:4. И 13 матчей, в которых счет открывал соперник, закончились для зеленоградцев поражениями. В 4 матчах счет так и не был открыт. Была одержана одна волевая победа – проигрывая по ходу матча 0:1 на выезде московскому ФК «Торпедо-ЗИЛ», зеленоградцы выиграли со счетом 3:1.
    Дважды зеленоградцы открывали счет на 1-й минуте матча. В одном из них зелено-белые одержали победу, в другом сыграли вничью.
    Забито мячей: 41, из них с пенальти – 7 (4 дома и 3 на выезде).
    1 из назначенных 11-метровых результатов не реализован.
    Дважды в одном матче смог отличиться только один футболист.
    В первых таймах было забито 15 мячей, во вторых 26 мячей.
   Два раза соперник сам забивал голы в свои ворота, три мяча занесены в актив зелено-белых в счет технического поражения ФК «Спартак» Щелково.
    Пропущено мячей: 43, из них с пенальти – 5 (4 на выезде и 1 дома).
   1 из назначенных 11-метровых ударов был отражен вратарем.
   В первых таймах в наши ворота было забито 22 мяча, во вторых 21 мяч.
   Один раз был засчитан автогол в наши ворота.
   8 матчей ворота зеленоградцев оставались «сухими», в 12 матчах зеленоградцы так и не забили ни одного мяча.
    Всего в матчах Первенства футболистами ФК «Зеленоград» было получено 84 предупреждения. 6 раз игроков в зелено-белой форме удаляли с поля. В игре с ФК «Динамо» Санкт-Петербург на выезде произошло два удаления в одном матче.
    Самое большое количество предупреждений получил Максим Чеботарь (10).
    Самая крупная победа: 3:0 (матч первого круга на выезде с ФК «Спартак» Щелково).
    Самое крупное поражение: 0:3 (матч второго круга на выезде с ФК «Динамо» Вологда).
    Самый неожиданный результат: 4:4 (матч второго круга на выезде с ФК «Нара-ШБФР»).
    Самая обидная ничья: 2:2 (матч первого круга на выезде с ФК «Псков-747»).
   Самый необычный матч: матч второго круга «Спартак» Кострома – «Зеленоград» 2:2. В этом матче каждая команда забила по одному автоголу в свои ворота, а также по пенальти в ворота друг друга.

    В этом сезоне был забит 100-й гол за историю участия ФК «Зеленоград» в Первенстве России во втором дивизионе. Его автором стал Антон Епихин.